继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：拉里·大卫 杰夫·格尔林 切瑞·海恩斯 理查德·刘易斯 苏茜·伊斯曼 J·B·斯穆夫 薇薇卡·福克斯 艾莉雅·英格丽许 卡拉·杰弗瑞 尼克·维斯 特德·丹森 鲍勃·爱因斯坦 安·里耶森 旺达·塞克丝 玛丽·斯汀伯根 杰西卡·查芬 凯瑟琳·欧哈拉 卢·狄马乔 莎朗·劳伦斯 洛丽塔·大卫多维奇 韦恩·费德曼 菲尔·麦格劳 谭佳伦马丁 杰瑞·宋飞 茱莉亚·路易斯-德瑞弗斯 迈克尔·理查兹 杰森·亚历山大 梅格·瑞恩 大卫·斯佩德 托德·斯塔什维克 克里斯蒂安·史莱特 菲利普·贝克·霍尔 雪莉·斯蒂琳费尔德 阿什
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演员：玛莉丝卡·哈吉塔 凯莉·吉蒂什 艾斯-T 劳尔·埃斯帕扎 达拉斯·罗伯特斯 伊丽莎白·玛维尔 普鲁瓦·贝迪 塔马拉·图尼 杰弗森·梅斯 彼得·斯卡纳维诺 布朗温·里德 Stephen C. Bradbury
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