外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。 古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。 ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
演员：大塚明夫 水谷优子 石井真 内海贤二 富田耕生 川濑晶子 小野凉子 佐藤佑子 小林清志 野泽那智 伊藤美纪 绪方惠美 柚木凉香 平山绫 青野武 有本钦隆 野上尤加奈 深见梨加 石井康嗣 江川央生 笹沼晃 丸山美纪 石垣佑磨 兵藤真子 百百麻子 川津泰彦 菅原淳一 三户耕三 小野大辅 菊丸文太 手冢千以子 阵内智则 大和田伸也 鹿贺丈史
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